2016年2月1日科技部、財政部、國家稅務總局聯合頒布《高新技術企業(yè)認定管理辦法》（國科發(fā)火〔2016〕32號），2016年6月29日頒布《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號），2016年是實行新認定辦法的第一年，在緊張的申報期限和對申報資料的摸索中，2016年度高新技術企業(yè)認定工作已全面結束，從目前科技、稅務及財政部門前期審查工作來看，今年的高新技術企業(yè)認定工作存在以下7大問題：
1、高新技術企業(yè)取消復審，加強年度企業(yè)狀況審核
2016年6月29日頒布《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》，在通知中明確：原《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2008〕362號）、《關于高新技術企業(yè)更名和復審等有關事項的通知》（國科火字〔2011〕123號）同時廢止。《高新技術企業(yè)認定管理辦法》（國科發(fā)火〔2016〕32號）第九條：通過認定的高新技術企業(yè)，其資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年。2016年以后申請的高新技術企業(yè)有效期為三年，在三年內滿足高新技術企業(yè)申報要求可享受稅收優(yōu)惠，應每年5月底前在“高新技術企業(yè)認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發(fā)費用、經營收入等年度發(fā)展情況報表。
2、財政部門加強了對審計中介機構的審核力度
《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號）中明確規(guī)定：中介機構要具備獨立執(zhí)業(yè)資格，成立三年以上，近三年內無不良記錄；承擔認定工作當年的注冊會計師或稅務師人數占職工全年月平均人數的比例不低于30%，全年月平均在職職工人數在20人以上。
該項審核工作由各地區(qū)的財政部門負責，財政部門在審核過程中各地區(qū)要求也不盡相同，例如部分地區(qū)需要提供中介機構當年的社保清單，退休注冊會計師提供退休證書，審核嚴格的地方還需要進入國家注冊會計師網站系統(tǒng)進行數據審核，并提供注協開具的事務所無違章情況說明，但因江蘇省注冊會計師協會發(fā)布文件（蘇會協[2016]11號）明確規(guī)定：申請開具有關事務所和個人的懲處情況、收入情況、人員情況等證明時，省市注冊會計師協會原則上不再出具相關證明。
3、稅務部門加強對企業(yè)財務核算和加計扣除審核情況
2015年11月2日，財政部、國家稅務總局、科學技術部聯合發(fā)出《關于完善研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅〔2015〕119號）要求企業(yè)應按照國家財務會計制度要求，對研發(fā)支出進行會計處理；同時，對享受加計扣除的研發(fā)費用在研發(fā)項目立項時應設置研發(fā)支出輔助賬，準確歸集核算當年可加計扣除的各項研發(fā)費用實際發(fā)生額，研發(fā)支出輔助賬由企業(yè)留存?zhèn)洳椤！陡咝录夹g企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號）中明確規(guī)定：企業(yè)應按照“企業(yè)年度研究開發(fā)費用結構明細表”設置高新技術企業(yè)認定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目，提供相關憑證及明細表，并按本《工作指引》要求進行核算。在此項規(guī)定要求企業(yè)財務核算清晰，要求有憑有據，并在稅務部門檢查時，重點檢查企業(yè)研發(fā)費用加計扣除情況，部門企業(yè)因準備倉促，申報當年再去規(guī)劃調整研發(fā)項目和經費，造成部分年份未能進行加計扣除，此項稅務都要求做出合理解釋。
稅務部門不光要求研發(fā)費用賬內核算規(guī)范，還需要企業(yè)提供輔助核算明細賬作為檢查依據，還包括研發(fā)費用是否達到比例要求、科技人員占比、高新技術產品（技術服務）收入確認等項目審核。
4、企業(yè)知識產權情況
高新技術企業(yè)將知識產權進行了分類打分，將發(fā)明專利、植物新品種、農作物品種、新藥、中藥保護品種、集成電路等劃為Ⅰ類；實用新型、外觀設計、軟件著作權等（不含商標）劃為Ⅱ類，且Ⅱ類知識產權僅限使用一次。在知識產權評分中Ⅰ類分數占比較大，還考察專利技術的先進性，對主要產品（服務）在技術上發(fā)揮核心支持作用，數量，獲得方式。
5、企業(yè)科技成果轉化情況
新的工作指引對科技成果轉化形式做了新的要求，不再是以前光看數量就能拿分，成果轉化形式包括：自行投資轉化；轉讓技術成果；許可使用科技成果；共同實施轉化；作價投資、折算股份或者出資比例等形式。
企業(yè)要通過編制成果轉化匯總表及成果逐項說明將企業(yè)科技成果展現在技術專家面前，在此項過程中一定要將成果的核心描寫出來，還要將成果與產品的關聯性描述清楚。
6、企業(yè)研發(fā)組織管理水平情況
新的工作指引將研發(fā)組織管理更加精細化，強調實質大于形式，以多種激勵方式促進企業(yè)研發(fā)管理規(guī)范。
（1）制定了企業(yè)研究開發(fā)的組織管理制度，建立了研發(fā)投入核算體系，編制了研發(fā)費用輔助賬；
（2）設立了內部科學技術研究開發(fā)機構并具備相應的科研條件，與國內外研究開發(fā)機構開展多種形式產學研合作；
（3）建立了科技成果轉化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)平臺；
（4）建立了科技人員的培養(yǎng)進修、職工技能培訓、優(yōu)秀人才引進，以及人才績效評價獎勵制度。
7、企業(yè)財務增長情況
新的工作指引要求在評審中加入財務專家，主要對企業(yè)凈資產增長率、銷售收入增長率進行綜合評價，但在高企申報書中明確填列近三年企業(yè)利潤總額，在評審過程中，企業(yè)是否盈利也會成為評審的一個關鍵點，另外財務數據是否與企業(yè)納稅一致，該項變化極大影響了企業(yè)的評分。
來源：高新技術企業(yè)認定資訊
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